El lenguaje de cualquiera comunidad hablante se nos presenta siempre como un complicado sistema de señales, como una estructura firme y estable de hábitos léxicos y gramaticales. Esto, sin embargo, es una ilusión, pues todo idioma en cualquier momento es un constante proceso de incesante cambio lingüístico.
El maya del Diccionario de Motul es diferente al idioma que hablan los aborígenes peninsulares de hoy. Si hay considerable diferencia entre el diccionario nombrado, escrito a fines del siglo XVI y el yucateco moderno, con mucha razón la debe haber entre el de Motul y el idioma de los códices, que fueron escritos, según indicios calendáricos, probablemente alrededor del siglo XII de nuestra Era; y, si tomamos en cuenta que el calendario Maya con sus glifos correspondientes, fue perfeccionado, según Spinden, antes de la cuenta moderna de nuestros tiempos, resulta probable que el valor fonético o silábico de cada glifo haya sido determinado aproximadamente 500 años antes de Jesucristo.
Es probable que la lengua en que fueron escritos los códices, no sea ninguna de las lenguas mayenses que actualmente se hablan, sino un derivado esotérico de una lengua arcaica que podemos llamar "protomaya", desaparecida o en vísperas de desaparecer en la época de Landa, pero cuyos vocablos, o cuando menos parte de ellos, se encuentran dispersos, algunos cambiados fonética o semánticamente, en los diferentes dialectos que nacieron de esa remota lengua.
Hay varias fuentes históricas que nos informan de la existencia de un lenguaje misterioso o sagrado llamado Zuyua, que era hablado por determinado grupo social en Mesoamérica.